在东京的一片宁静街区里，高中生侦探工藤新一（江户川柯南）正和朋友们一起享受着平静的日常。然而，这份宁静被一封神秘信件打破——信中提到一艘漂浮在天空中的巨大船只正在接近这座城市。这艘船据说是几十年前失踪的豪华游轮“天穹号”的复刻版，而它这次的出现似乎带着某种不祥的目的。
为了揭开谜团，柯南与少年侦探团成员们决定展开调查。他们通过各种线索发现，“天穹号”并非普通的船只，而是由一位天才科学家利用尖端科技制造出来的空中飞行器。这位科学家曾因研究失控导致事故，从此隐居不出。如今他突然现身，并操控“天穹号”出现在公众视野中，似乎是为了完成未竟的梦想。
随着调查深入，柯南意识到这不仅仅是一次单纯的冒险，更可能牵扯到一桩多年前的悬案。原来，“天穹号”当年的失踪背后隐藏着一个巨大的阴谋，涉及多方势力的利益争夺。而今，这些势力再次聚集，试图借助“天穹号”的力量实现自己的目的。
在这场跨越现实与虚幻的冒险中，柯南不仅要面对复杂的谜题，还要应对来自各方的威胁。从高空坠落的危险装置到隐藏在人群中的幕后黑手，每一处细节都考验着他的智慧与勇气。最终，在毛利小五郎等人的协助下，柯南成功破解了所有谜团，揭露了真相，并将犯罪分子绳之以法。
故事以一场壮观的空中追逐戏作为高潮，柯南驾驶小型无人机追踪“天穹号”，并在关键时刻阻止了一场灾难的发生。当一切尘埃落定后，这座城市的居民们重新找回了往日的安宁，而柯南则继续踏上新的探案旅程。
这部作品不仅延续了原作中紧张刺激的情节设计，还融入了许多现代科技元素，让读者感受到一种全新的阅读体验。同时，通过对人性和社会问题的探讨，使得整个故事更加丰富多彩，令人回味无穷。
