在法律实践中，关于管辖权异议的提出时间是一个关键问题，尤其是当合同中存在有效的仲裁协议时。本文将探讨这一问题，并结合相关法律规定和案例进行分析，以期为相关当事人提供参考。

一、仲裁协议的基本概念与效力

仲裁协议是双方当事人自愿达成的一种法律文件，旨在通过仲裁方式解决可能发生的争议。根据《中华人民共和国仲裁法》的规定，仲裁协议具有独立性，即使主合同无效，仲裁协议仍然有效。因此，在合同纠纷中，如果存在有效的仲裁协议，通常意味着排除了法院的司法管辖权。

二、管辖权异议的提出时间

1. 法律依据

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十七条规定：“人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。”这一规定明确了管辖权异议的提出时间，即应在提交答辩状期间提出。

对于涉及仲裁协议的情况，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十三条规定：“当事人未依照仲裁法第二十条第一款的规定申请撤销仲裁裁决，而以仲裁协议无效或者不存在为由主张不予执行仲裁裁决的，人民法院不予支持。”

2. 实践中的具体操作

在实际操作中，当事人需要在收到法院传票或应诉通知后的法定期限内提出管辖权异议。如果超过该期限，法院可能会认为当事人放弃了此项权利。此外，若当事人在明知存在仲裁协议的情况下仍参与诉讼程序，则可能被视为默认接受法院的管辖。

三、典型案例分析

案例一：某公司诉某个人买卖合同纠纷案

在该案中，原告向法院提起诉讼，被告在收到传票后及时提出了管辖权异议，并提供了双方签订的仲裁协议作为证据。最终，法院裁定驳回原告的起诉，并告知其应按照仲裁协议的约定提交仲裁机构处理。

案例二：某企业诉某银行借款合同纠纷案

在此案中，被告未能在规定时间内提出管辖权异议，而是选择继续参与庭审并提出抗辩。法院认为，被告的行为表明其接受了法院的管辖，因此对其提出的管辖权异议不予采纳。

四、总结与建议

综上所述，有仲裁协议的情况下，当事人应在收到法院传票或应诉通知后的法定期限内提出管辖权异议。逾期未提的，可能导致法院认定其放弃该项权利。同时，当事人需注意保存相关证据，如仲裁协议文本等，以便在必要时支持自己的主张。

希望本文能够帮助读者更好地理解有仲裁协议情形下的管辖权异议提出时间及相关法律规定。如有进一步疑问，请咨询专业律师获取个性化建议。