在小说的第一部《地球往事》中，主人公叶文洁是一名天文学家，在目睹了人类社会的种种不公后，她向三体文明发出了求救信号。这一举动开启了两个截然不同的文明之间的对话，并最终导致了三体舰队向地球进发。与此同时，地球上也出现了一群被称为“降临派”的人，他们相信三体文明的到来将为人类带来新的希望。
第二部《黑暗森林》则进一步深化了故事的紧张氛围。书中提出了著名的“黑暗森林法则”，即宇宙就像一片黑暗森林，每个文明都是潜伏其中的猎手。由于无法判断其他文明是否友好，为了自身的生存，任何文明都必须假设对方怀有敌意，并采取先发制人的策略。基于这一理论，罗辑成为人类最后的防线，他通过威胁摧毁整个宇宙来迫使三体文明停止侵略行动。
到了第三部《死神永生》，情节更加扣人心弦。随着三体问题的解决，人类逐渐意识到宇宙并非只有他们所知的那两个文明。更可怕的是，一个超越所有已知文明的存在正悄然逼近，这便是“歌者”。歌者利用维度打击技术对太阳系进行了毁灭性打击，而幸存的人类不得不踏上寻找新家园的旅程。
《三体》不仅仅是一部关于外星入侵的小说，它还探讨了许多深层次的问题，如科学伦理、人类命运以及宇宙的本质等。通过对这些议题的深入挖掘，《三体》不仅赢得了广大读者的喜爱，同时也引发了社会各界对于未来科技发展及人类发展方向的广泛讨论。
